恐れ入りますがMT4の仕様でございますので
EAつくーる側では改善ができない状況がございます。

ご不便をおかけしますが何卒よろしくお願い申し上げます。

お言葉を返すようですが、MT4の仕様によるものではないと思うのですが。
実際EAつくーるでパラメータに追加するを選択し、複数の項目に同じ名前をつけるて作成したEAをEAエディタで確認すると下記のような内容となっています。

input int Ichimoku_tenkan_1_1_1 = 9; //転換線の期間
input int Ichimoku_tenkan_1_1_2 = 9; //転換線の期間
となっており、input int Ichimoku_tenkanのあとの数字が、ポジション番号や条件番号かと思います。そしてその後ろの文字がEAツクールで条件設定のパラメータに追加を選択した場合に付けた名前です。
ということは、ポジション番号や条件番号で管理するのではなく、入力した名前で管理するようにすれば、複数の項目に対して一つのパラメーターとすることができるのではありませんか。
input int 転換線の期間 = 9;
となるようにして、メイン処理のところも、「input int Ichimoku_tenkan_1_1_1 」や「input int Ichimoku_tenkan_1_1_2」　ではなく「転換線の期間」となるようなプログラムにすれば、実現できるのではありませんか。
こういう仕様でないと、パラメーターに追加を選択する際に名前を入力する意味が無いと思うのですが、いかがですか。

現在のEAつくーるでは

このように出力されるものを、
名前を入力した場合には、

このように出力されるように修正できると思うのですが。

ご提案いただいた修正は実現できず（変数が同じ場合はコンピュータが区別できないため）
恐れ入りますが、名前を設定する際は区別するために下記のように別名でご対応をお願いできればと存じます。

転換線の期間1
転換線の期間2

ご不便をおかけしますが何卒よろしくお願い申し上げます。

EAつくーるでアウトプットしたデータをEAエディタで修正するしかない、ということですね。
ソフトプログラムのことは詳しくありませんが、今回の例で言うと、
ichimoku_tenkanで始まる条件項目に同じ名前が入力された場合は、ichomoku_tenkan〇_〇_○ではなく、入力された名前に置き換える。
置き換えた条件項目が複数の場合は1つになるように削除する。

たったこれだけの修正だと思いますが、これができないということでしょうか。
回答者さんがどういう立場でどういう職種の人かは分かりませんが、エンジニアの方であれば、可能という答えが返ってくると思うのですが。

恐れ入りますがEAつくーるでアウトプットしたデータをEAエディタで修正するしかございません。

ご不便をおかけしますが何卒よろしくお願い申し上げます。