バージョンアップ後にEAが稼働していれば、どちらの方法でも問題ないかと存じます。

弊社ではEAが稼働した状態（チャートを開いたまま）で、MT4の再起動（バージョンアップ）を行い
MT4が起動し終わった後（バージョンアップ後）にEAがチャートに適用されているかどうか確認しております。

ご参考いただけますと幸いです。何卒よろしくお願い申し上げます。