EAつくーるの機能のみでは作成できませんが、コードを3行追加すれば実現可能な機能でございます。
通常通りソースファイルをダウンロードしていただいた後、openPositionに関する部分を、下記のようにご修正ください。

修正前

      if(openPosition(signal, lots, take_profit, stop_loss, Magic1)) {
         bars1 = Bars;
      }

修正後

      double atr  = iATR(Symbol(), 0, 14, 1); // ATRの取得
      take_profit = PriceToPips(atr * 4);     // take_profitはATRの値*4をpipsに変換した値
      stop_loss   = PriceToPips(atr * 2);     // stop_lossはATRの値*2をpipsに変換した値

      if(openPosition(signal, lots, take_profit, stop_loss, Magic1)) {
         bars1 = Bars;
      }

デフォルトの、始めの外部変数入力部分の
input double StopLoss = 100;
input double TakeProfit = 100;
上記は残しておいても、大丈夫ですか？
つまり、残しておくと、始めの外部変数入力部分の設定(SL=100、TP=100)と、今回のスレッドの追加機能が同時に適用されるのですか？

残しておいても問題ございません。
今回のスレッドで取り上げている機能は、コードを修正していただいたポジションのみに適用されます。

同時に適用されるわけではなく、例えば、「ポジション1」「ポジション2」の2つのポジションで取引条件を作成し、「ポジション1」のみATRの条件を適用したい場合、「ポジション1」のエントリーに関するコードの部分のみ修正を行えば、「ポジション2」にはデフォルトのSL/TPを反映させることができます。