取引できないタイミング、例えば、市場が閉まっている日曜日に更新するのはいかがでしょうか。
ポジションを持った状態で決済せずに停止しても、再起動した際に続きから同じロジックで取引が可能なEAも多く存在します。

例えばナンピンやマーチンゲールを行っているEAについて、

• ティック毎に現在保有しているポジション数を集計し、その結果を元に次のエントリーの条件を決定するタイプ→再起動しても再度情報を取得するためOK
• 起動中のみ保持され続ける変数（static変数）に現在のポジション数を保存しておき、その変数の値を元にエントリーの条件を決定するタイプ→再起動により情報がリセットされてしまうためNG

です。

不明な場合は、EAの制作者に質問をしてみることをおすすめいたします。

ご回答どうも有難うございました

①EAが条件を満たし、売買が開始される→その後、EAが手仕舞い条件を探している状態になる
②手仕舞いが無いまま週末になり、MT4を終了させる→Windowsの更新を行う→再度MT4を立ち上げる
③月曜になり取引が再開されて、EAが再び手仕舞い条件を探し始める
④手仕舞い条件となり、EAが反対売買を実施する

という流れになり、よって、EAの構造が、売買開始条件と手仕舞い条件のそれぞれを探し当てて、売買、及び反対売買を実施するだけのものであれば、週末のWindows更新の為のMT４再起動は問題ない、という事でしょうか？

よろしくお願いいたします。

ご理解の通りでございます。

注意すべきなのが、「再起動をすると売買開始条件、手仕舞い条件に関わる数値がおかしくなってしまう場合がある」という点です。

例えば、ナンピンを行うEAの場合、保有中のポジション数に応じて次のエントリー時のロット数を変える処理が入っている場合があります。
この際、保有ポジション数の扱いについて、

• エントリーする前に、毎回必ず実際のポジション数を1個、2個、…と数えるタイプのEAは、再起動した後にも数え直すので問題なし
• ポジションを持つタイミングで「ポジション数を保存しておく変数」を+1するタイプのEAは、停止の際にその変数の値が0にリセットされてしまうので問題あり

という違いがあります。
（厳密には、後者であっても"グローバル変数"を使用していて問題ない場合があります。）

お使いのEAがどちらのタイプなのかは、作者に質問するか、ソースコードを確認しなければわからないという状況でございます。

ありがとうございました　よくわかりました