大変おそれいりますが、コードの大幅な修正が必要となるため、ご作成いただくのが難しいロジックとなっております。
もし、コードの修正が可能な場合は、考え方のヒントとして以下をお伝えさせていただきます。

曜日制限は、エントリー処理の直前にsignal = 0を入れることで実現する

曜日を扱える関数DayOfWeek()を使用します。日曜日が0、土曜日が6です。
月～金のみエントリーを許す場合は、「曜日=日 または 曜日=土 の場合はエントリー禁止」ですから、

if (DayOfWeek() == 0 || DayOfWeek() == 6) signal = 0;

という行を追加します。例えばポジション1（Magic1で管理しています）の場合は

【修正前】

   if(signal != 0 && getOpenLots(Magic1) == 0) {
      // （ここに何らかの処理が入っている場合もあります）
      if(openPosition(signal, lots, take_profit, stop_loss, Magic1)) {
         bars1 = Bars;
      }
   }

【修正後】

   if (DayOfWeek() == 0 || DayOfWeek() == 6) signal = 0; // この行を追加しました
   if(signal != 0 && getOpenLots(Magic1) == 0) {
      // （ここに何らかの処理が入っている場合もあります）
      if(openPosition(signal, lots, take_profit, stop_loss, Magic1)) {
         bars1 = Bars;
      }
   }

といった具合です。Magic2については同様で、Magic3, Magic4については

if (DayOfWeek() != 0 && DayOfWeek() != 6) signal = 0;

を追加します。これは、「日曜日でなく、かつ、土曜日でもないならばエントリーシグナルを0にする」という意味です。

ナンピンロジックの条件をポジション毎に変える（これがとても難しい）

通常通り「ナンピン」オプションの設定をしていただいた後、その条件を決定するパラメータを4つ分に増やします。

【修正前】

input bool isNanpin = true;
input int NanpinCount = 10;
input double NanpinInterval = 50;
input double NanpinMult = 2;
input double NanpinTP = 1000;
input double NanpinSL = 1000;
input double NanpinAdd = 0;
input int NanpinCustom = 0;
input string NanpinLots = "";
input double NanpinMax = 0;

【修正後】

input bool isNanpin1 = true;
input int NanpinCount1 = 10;
input double NanpinInterval1 = 50;
input double NanpinMult1 = 2;
input double NanpinTP1 = 1000;
input double NanpinSL1 = 1000;
input double NanpinAdd1 = 0;
input int NanpinCustom1 = 0;
input string NanpinLots1 = "";
input double NanpinMax1 = 0;

input bool isNanpin2 = true;
input int NanpinCount2 = 10;
input double NanpinInterval2 = 50;
input double NanpinMult2 = 2;
input double NanpinTP2 = 1000;
input double NanpinSL2 = 1000;
input double NanpinAdd2 = 0;
input int NanpinCustom2 = 0;
input string NanpinLots2 = "";
input double NanpinMax2 = 0;

input bool isNanpin3 = true;
input int NanpinCount3 = 10;
input double NanpinInterval3 = 50;
input double NanpinMult3 = 2;
input double NanpinTP3 = 1000;
input double NanpinSL3 = 1000;
input double NanpinAdd3 = 0;
input int NanpinCustom3 = 0;
input string NanpinLots3 = "";
input double NanpinMax3 = 0;

input bool isNanpin4 = true;
input int NanpinCount4 = 10;
input double NanpinInterval4 = 50;
input double NanpinMult4 = 2;
input double NanpinTP4 = 1000;
input double NanpinSL4 = 1000;
input double NanpinAdd4 = 0;
input int NanpinCustom4 = 0;
input string NanpinLots4 = "";
input double NanpinMax4 = 0;

そして、magic_array[]という配列も変更する必要があります。
変更箇所がいくつかあります。

【修正前】

int magic_array[4];

【修正後】

int magic_array1[1];
int magic_array2[1];
int magic_array3[1];
int magic_array4[1];

【修正前】

   magic_array[0] = Magic1;
   magic_array[1] = Magic2;
   magic_array[2] = Magic3;
   magic_array[3] = Magic4;

【修正後】

   magic_array1[0] = Magic1;
   magic_array2[0] = Magic2;
   magic_array3[0] = Magic3;
   magic_array4[0] = Magic4;

そして、実際にナンピンを実行する部分も書き換えます。
まず、次の行を削除します。

   if(isNanpin == true) NanpinLogic(NanpinCount, NanpinCustom, NanpinLots, NanpinInterval, NanpinMult, NanpinTP, NanpinSL, NanpinAdd, NanpinMax, magic_array);

そして、次の行を追加します。

   if(isNanpin == true && (DayOfWeek() == 0 || DayOfWeek() == 6)) NanpinLogic(NanpinCount1, NanpinCustom1, NanpinLots1, NanpinInterval1, NanpinMult1, NanpinTP1, NanpinSL1, NanpinAdd1, NanpinMax1, magic_array1);

全ての変数名の最後に、ポジションに対応した数字が付与されている点に注意です。ポジション2~4についても同様についかします。
ただし、ポジション3,4については、if文の部分の曜日制限のコードを変更してください。

以上でございます。
ご参考になりましたら幸いですが、検証ができていないため、あくまでヒントとしてお考えいただければと存じます。上手くいくことを願っております。