ご質問は、「全決済」の指定欄に 1,2 と入れておけば、実運用時に Magic1=101、Magic2=102 に変更しても正しくそのEA内の対象ポジションだけ全決済されるのか、という点ですね。

結論から申し上げますと、その認識で問題ありません。
EAつくーるの「全決済」の指定欄に入れる 1,2 は、実際のマジックナンバーそのものではなく、ポジション番号1・2を指す指定として扱われています。

つまり、

• ポジション1 → 実際には Magic1
• ポジション2 → 実際には Magic2

という対応になっており、EAの設定画面で

• Magic1 = 101
• Magic2 = 102

に変更した場合でも、全決済の 1,2 は自動的にその現在値（101,102）を参照します。

仕組み

EAつくーるのデフォルトのソースコードでは、初期化時に次のような処理があります。

magic_array[0] = Magic1;

複数ポジションのEAであれば、実際にはこれが

magic_array[0] = Magic1;
magic_array[1] = Magic2;

のように並ぶ形になります。

そして、全決済などで複数指定を判定する部分は次の考え方です。

if(OrderMagic == magic_array[StrToInteger(magics[i])-1]) return (true);

ここで magics[i] に入っている "1" や "2" は、

• "1" → magic_array[0] → Magic1
• "2" → magic_array[1] → Magic2

というふうに変換されます。

ですので、全決済欄に 1,2 と書いてあれば、実際の比較対象は

• Magic1 の現在値
• Magic2 の現在値

です。

①について

ご理解はほぼ合っています。
ただ、より正確に言うと、

• input int Magic1 = 1;
• これを input int Magic1 = 101;

に変更しても問題ありません。
そして全決済側は、単純に「1という数値」そのものを見ているのではなく、ポジション1に対応する Magic1 変数の現在値を見ています。

そのため、Magic1 = 101 に変えた場合は、全決済の対象も自動的に 101 になります。

ここで少しだけ注意点

「全決済のマジックナンバー指定」という表示だと、101,102 のように実マジックナンバーを書く欄に見えやすいのですが、コード上の動きとしてはそうではありません。

この欄は実質的には、

• 1 = ポジション1
• 2 = ポジション2

を指定する欄として考えていただくのが正確です。

つまり、EAつくーる側で全決済欄を 101,102 に書き換える必要はありません。
むしろ、そこを 101,102 にすると想定外の動作になる可能性があります。

②について

こちらも、基本的にはその理解で問題ありません。

たとえば、

• EA1：Magic1 = 1、Magic2 = 2
• EA2：Magic1 = 101、Magic2 = 102

という2つのEAが同時に動いている場合、各EAはそれぞれ自分自身の Magic1、Magic2 の現在値を使って判定します。

そのため、

• EA1の全決済 1,2 → 実際には 1,2 を対象
• EA2の全決済 1,2 → 実際には 101,102 を対象

となり、通常は混同しません。

重要な前提

ただし、混同しないためには次の前提があります。

• 各EAで実際のマジックナンバーが重複していないこと

たとえば、

• EA1も Magic1=101
• EA2も Magic1=101

のように、同じ通貨ペア上で同じマジックナンバーを使ってしまうと干渉します。

ですので、複数EAを同時運用する場合は、実際に設定するマジックナンバーを重複させないことが大切です。

こうなっていませんか？

誤解しやすい点として、次のように考えてしまうことがあります。

• 全決済欄に 1,2 と入れる
• 実運用で Magic1=101、Magic2=102 に変更した
• だから全決済欄も 101,102 に直さないといけないのでは？

これは不要です。
全決済欄は 1,2 のままで大丈夫です。

逆に、全決済欄に 101,102 を入れてしまうと、コード上は「ポジション101、ポジション102」を参照しようとする形になり、正常に使えません。

まとめ

• 全決済欄の 1,2 は、実マジックナンバーではなくポジション番号の指定です。
• 実運用時に Magic1=101、Magic2=102 に変更しても、全決済欄は 1,2 のままで正常動作します。
• 2つのEAを同時に動かしても、実際のマジックナンバーが重複していなければ基本的に干渉しません。
• 全決済欄を 101,102 に書き換える必要はありません。

実運用の設定としては、以下の考え方で問題ありません。

EAつくーる作成時
全決済のマジックナンバー指定：1,2

実際のEA設定
Magic1 = 101
Magic2 = 102

この形で、全決済は 101 と 102 のポジションを対象に動作する認識で問題ありません。